В документе Операция учета НДФЛ нет возможности выбрать подразделение сотрудника. Программа позволяет указывать только «обособки», а обычные подразделения – нет. Это приводит к пересортице в учете НДФЛ по подразделениям.
Можно ли принудительно заполнить подразделение в Операции учета НДФЛ?
Документ Операция учета НДФЛ имеет ограничение – не позволяет указать Подразделение (Настройка – Предприятие – Подразделения) сотрудника, если оно не является обособленным. 
Однако обычные документы начисления зарплаты и ее выплаты делают записи в регистрах по НДФЛ в разрезе Подразделений – как обособленных, так и обычных.
Если хотите избежать пересортицы «в аналитике» и уменьшить вероятность ошибок при перерасчетах, можно принудительно заполнить Подразделение в Операции учета НДФЛ. Для этого в настройках Подразделения временно включим флажок Это – обособленное подразделение в карточке Подразделения. После того, как заполним документ, сбросим флажок обратно.
Посмотреть, какое именно значение указать в той или иной колонке Операции учета НДФЛ можно в движении документа Ведомость по регистру Учет доходов для исчисления НДФЛ — Как в ЗУП 3.1 посмотреть движения документа по регистрам?
Помогла статья?
Получите еще секретный бонус и полный доступ к справочной системе БухЭксперт8 на 8 дней бесплатно
В этом случае проще всего вместо операции использовать документ «Перенос данных».
Всё равно операция транслирует содержимое табличных частей в регистры практически 1:1.