НДФЛ с аванса

Конфигурация «Зарплата и кадры государственного учреждения», редакция 3. Версия 3.1.13.146.
В случае, когда выплата зарплаты за первую половину месяца (аванса) производится в последний день месяца, то происходит удержание НДФЛ. При проведении документа для целей учета дохода по НДФЛ и исчисленного НДФЛ движения появляются соответственно в регистре накопления Учет доходов для исчисления НДФЛ и в регистре накопления Расчет налогоплательщиков с бюджетом по НДФЛ. В конец месяца при проведении документа Начисление зарплаты и взносов в регистре накопления Учет доходов для исчисления НДФЛ сторнируется сумма по авансу и появляется сумма дохода, рассчитанная в целом за месяц. Такой же принцип действует для исчисленного НДФЛ в регистре накопления Расчеты налогоплательщиков с бюджетом по НДФЛ.
В нашей организации начисление и выплата заработной платы производится по подразделениям.Сотрудник работает в двух разных подразделениях организации (по основному месту работы и внутреннему совместительству).В одном подразделении (работа по внутреннему совместительству) сотруднику был выплачен аванс в последний день месяца (в порядке указанном выше), а в другом подраделении (по основному месту работы) аванс выплачен раньше (не в последний день месяца и движений по регистрам учета НДФЛ не было). Возникла ситуация, когда при начислении заработной платы за месяц сторнируется сумма аванса и налога с этой суммы в регистрах дважды — один раз при начислении заработной платы сотруднику по основному месту работы в одном подразделении, а второй раз при начислении заработной платы по внутреннему совместительству в другом подразделении. Но ведь в регистры учета НДФЛ попала сумма дохода и налога с аванса один раз, а сторнирует дважды. Почему так себя ведет программа?