Выставление счета на аванс и окончательный расчет

Здравствуйте!
Работаем в 1С Фреш — Бухгалтерия предприятия, редакция 3.0 (3.0.199.13). Находимся на УСН — доходы минус расходы.
После заключения договора с Заказчиком, выставляем ему счет с перечнем товаров согласно спецификации договора, затем при отгрузке товара на основании этого счета создаем УПД. Или на основании счета от Поставщика создаем счет Заказчику и затем на основании этого счета создаем УПД Заказчику.
Иногда Заказчик после подписания договора, просит выставить счет на авансовый платеж на 30%, затем при отгрузке товара выставить счет на окончательный платеж 70%.
Как верно при этом выставить в 1С УПД с перечнем товаров, если в выставленных счетах не было этого перечня? Как отследить движение товара от Поставщика к Заказчику если нет связанных документов?
Поставщик также бывает выставляет сначала счет на аванс, затем счет- на окончательный расчет. Как занести УПД поставщика, если в полученных от него счетах не был указан перечень товаров? Как отследить кому ушел этот товар?