Ошибка по применению льгот по НДС

Здравствуйте. Наша организация работает на общем налогообложении, мы (Исполнители) заключили договор на выполнение научно-исследовательской работы с организацией имеющейся статус участника проекта «Сколково». Заказчик прислал нам договор со стоимостью работ, указав НДС не облагается согласно ст. 145.1 НК. Директор согласился с условиями и подписал договор. На основании договора по закрытию каждого этапа (их было три: декабрь 2021, апрель 2022г., сентябрь 2022г.) была произведена реализация, не облагаемая НДС. Я понимаю, что при подписании договора была совершена ошибка, мы не имели права на льготу по НДС, т.к. сами не являемся участниками проекта «Сколково». Первая реализация прошла 20.12.2021г. на сумму 300000,00 без НДС, вторая реализация прошла 06.04.2022г. на сумму 300000,00 без НДС и третья реализация прошла 09.09.2022г. на сумму 300000,00 без НДС (окончательный этап, договор закрыт). Ошибку обнаружили только сегодня, когда пришло требование от ИФНС о предоставлении пояснений по НДС за 3 кв. 2022г. по операциям, не подлежащим налогообложению НДС. Подскажите пожалуйста, как можно исправить ошибки по реализации в программе 1С и в каком периоде. Нужно ли сдавать уточненные декларации по налогу на прибыль и НДС за 4 квартал 2021г., 1,2,3 кварталы 2022г.?
1С: Бухгалтерия ПРОФ 3.0.122.97, ОСНО.

Сумма договора не изменится, НДС 20% будет в т.ч.