Перерасход лимита связи сотрудником, если забыли отразить в 1С

День добрый! 1с бухгалтерия ПРОФ 3.0.68.61 на платформе 8.3.12.1714.
Ситуация: наша организация заключила договор с Мегафоном на корпоративную связь только по своему региону (области). Счета, акты и счета -фактуры с НДС выставляет на 31 число (конец любого месяца).
Один из сотрудников, поехав в отпуск за пределы своего региона, пользовался служебным телефоном и сотовой связью в личных целях, соответственно был роуминг на интернет и сотовую связь. Лимит был превышен в размере 9000 руб.
По приказу директора и личному заявлению работника, мы произвели удержания этой суммы в течении трех месяцев. Удержания провели в ЗУП (удержания по прочим операциям с работником 70 / 73.03). Сейчас в бухгалтерии на счете 73.03 висит кредитовое сальдо по сотруднику.
В бухгалтерии документ поступление от Мегафона стоит полная сумма по акту и счету-фактуре с НДС. И оплата прошла по платежному поручению на полную сумму, выставленного счета.
Вопрос: Как в программе правильно, какими операциями, или документами, либо в самом документе этого поступления, отразить начисление этому сотруднику. И как быть с НДС. По сути та сумма, что мы с него взяли, мы не можем принять к вычету НДС с этой суммы. Только с той, что действительно оплачивает организация.
И еще: как исправить эту ситуацию текущим годом. Так как при сдаче декларации по НДС за 4 квартал 2018 года эта ситуация была упущена из виду. Сдать корректировочный НДС? Если да, то как отразить эти операции при документе «поступление» ? Спасибо!