Не отражается счет-фактура на реализацию при договорах с длительным циклом в 1С

Добрый день! У нас был заключен договор на выполнение работ с переходом права собственности на выполненные работы после выполнения всего объема работ по договора. При этом имели место промежуточные акты выполненных работ. В БУ промежуточные акты отражались проводками: Дт46 Кт 90.01 Дт90.03. Кт 76.Н. По окончании выполнения всех работ по по договору и подписанию Акта выполненных работ с переходом права собственности в БУ документом «Операции, введённые вручную» были сделаны проводки Дт 62.01. Кт 46 (на стоимость выполненных работ) Дт 62.02.К 62.01 на сумму авансовых платежей, зачитываемых в счет выполнения работ), Дт 76.Н Кт 68.02 на сумму НДС. Одновременно, в БУ был отражен полученный счет-фактура на весь объем работ с привязанными к нему всеми документами реализации. Данный счет-фактура не отражается в книге продаж для целей НДС. Прошу помочь.