НДФЛ с зарплаты работника, который занимает несколько должностей

Добрый день! У нас есть сотрудник Агешина Наталья, который числится в одном подразделении по основному месту работы и в двух других на 0,25 ставки. У есть вычет на двоих детей. Когда в апреле месяце её доход превысил 350 тыс рублей, началась какая-то «колбаса» с вычетами: они то сторнировались, потом опять добавлялись. В итого с начала года получалось вроде всё верно, я не стала обращать на это внимание. Когда стала формировать отчёт 6НДФЛ получилось, что по одному подразделению вычеты пошли в минус, доход по этой обособке меньше чем должен быть, по другой обособке доход больше, вычеты больше. В итоге по трём подразделениям доход и вычет верен, а между подразделениями разбивается не верно. Руками 6 НДФЛ я конечно подправила, но не очень хочется так делать! Перекос с вычетами продолжается. Когда начисляю аванс, выскакивают минусовые вычеты, аж с апреля месяца, программа пытается что-то пересчитать. Я эти минусы руками убираю. Начисляю зарплату, опять выскакивают ненужные вычеты. Я их опять убираю. При следующем начислении они снова выскакивают и так бесконечно. Программы пытается пересчитать что-то задним числом. Не могу понять как мне избавиться от этой проблемы. Подскажите пожалуйста.