НДС при частичном зачете аванса и сдаче работ по КС-2 и КС-3

Добрый день!
Принял дела по организации и столкнулся интереснейшим и совершенно бесполезным делением авансов, в общем дела обстоят так:
Есть договор (Договор_1) от 2018 года, и по этому договору был перечислен аванс (ещё в 2018 году, ставка ндс 18%), условно 3 000 000-00, цена договора составляет 10 000 000-00 (в том числе НДС 18%). Так вот по условиям договора, зачёт аванса происходит в размере 15% от суммы выполненных работ, работы оказывают на протяжении 2019-2020 года, при этом, счёт выставляется на сумму уменьшенную на аванса (15%), проводят КС-2 и КС-3, а вот счёт-фактура должна быть выдана в конце оказания услуги и подписания акта выполненных работ по форме заказчика.

И так теперь ролевая игра с НДС):
В 1С проведена реализация (согласно КС-2, КС-3) и НДС 20%, но счет-фактур нет при этом 1С указывает реализацию в книге продаж но код операции ставит 26.
Как мне кажется такая реализация не должна попадать в книгу продаж вообще, но тогда возникнет разница между декларацией по прибыли и декларацией по НДС (я понимаю мухи отдельно, котлеты отдельно), промежуточное выполнение работ принято заказчиком (КС-2 и КС-3 подписаны).

Помогите разобраться с НДС, Прибылью и как правильно сделать настройки в 1С с такими договорами и зачётами?

Заранее спасибо!
И с Днём рождения) мы с Вами уже 9 лет, и надеюсь будем продолжать сотрудничество!