Обособленные подразделения у ИП

Здравствуйте!
У нас есть ИП, у которого магазины по всему региону.
Работников магазинов в каждом населенном пункте мы относим к обособленным подразделениям. Обособленные подразделения у нас созданы для каждого населенного пункта. Это связано с тем, что у нас в разных населенных пунктах могут быть разные районные коэффициенты, а также отчетность по НДФЛ мы готовим и сдаем отдельно по каждому обособленному подразделению.
Но, после перехода на ЗУП 3.1 мы столкнулись с такой проблемой — мы не можем создать для каждого обособленного подразделения свою регистрацию в налоговом органе. Причина в том, что некоторые населенные пункты (соответственно обособки) относятся к одной налоговой инспекции, имея разные ОКТМО. Программа же контролирует уникальность только в разрезе кода налоговой инспекции.
Как нам настроить программу, чтобы формировать отчетность по НДФЛ для каждого обособленного подразделения отдельно?