Добрый день.
Аванс за товар (услуги) поступает от головной организации, а отгрузка товара будет производиться в адрес её обособленного подразделения (филиала).
В таком случае при выставлении счёта-фактуры на аванс в строках 6 «Покупатель» и 6а «Адрес» следует указать данные головной организации, а в строке 6б «ИНН/КПП покупателя» — ИНН организации и КПП обособленного подразделения (филиала).
Это указано, например, в Письме Минфина России от 04.05.2016 №03-07-09/25719.
Каким образом корректно отразить КПП филиала в авансовой счет-фактуре?
Ручная корректировка исключена, так как автоматически не отразится в книгах (покупке и продаж) и не отразится в декларации НДС.