Возврат излишне уплаченного налога по тяжбе с налоговой

Здравствуйте.
Крайне запутанная ситуация. Что делать?
Обслуживаемая на аутсорсинге компания дважды получила требование по одному и тому же периоду 2 кв. 2017 года по причине выпадения из цепочки поставщика.
Предприятие работало в рамках государственных контрактов. Однако,с апреля 2018 года не работает в связи с закрытием контрактов.
В связи с переплатой налога на прибыль в качестве авансовых платежей написало письмо в ИФНС 7717 о возврате переплаченной суммы. Однако, в связи с обнаружением разрыва в цепочке (порядка 324 тыс.рублей) из-за \»пропажи\» поставщика по НДС сумма переплаты не была возвращена предприятию до устранения этого разрыва. На протяжении периода с марта 2019 года по сегодняшний день шла интенсивная переписка и оперативная переговорная работа с отделом камеральных проверок инспекции по вопросу возврата переплаченного налога. В ходе предварительных переговором в течении 2019 год были зачтены по письмам \»разорванный\» НДС и пени по нему в сумме около 500 тыс.рублей. Сегодня поступило еще требование за тот же 2-ой квартал 2017 года о расхождениях, но уже на сумму порядка 1 млн.рублей. При этом, выполняя предварительные договоренности с ИФНС, выполним обязательства по зачету , компания с 29 апреля т.г. не может получить излишне оплаченный налог.
В связи с этим возникают следующие вопросы: 1) не истек ли срок исковой давности (апрель 2017 года): 2)можно ли дважды камерально проверять один и тот же период; 3)система НДС-2, которая отлавливает \»рванный НДС\» начала работать с только с 2018 года?
Можно ли с налоговиками судится, так как идет явная затяжка с возвратом, много веще \»притянутых\» за уши, к примеру, с какого времени появилось понятие обоснования \»добросовестности\» контрагента. В качестве пояснения к первому требованию сбрасывали налоговикам первичку: копии двух УПД (для НДС), но они никах не отреагировали (не возвращали),затем пришлось вступить в телефонные переговоры, где они склонили компанию к уплате (зачету) НДС за \»пропавшего\» контрагента И пени, и затем обещанием непременного возврата оставшейся переплаты по налогу на прибыль.
Компания собиралась закрываться после возврата \»урезанной\» переплаты по налогу на прибыль в размере 632 тыс.рублей (из-за закрытия госконтрактов), переговоры велись на протяжении 1,5 лет. Подлинники первички (счета-фактуры) в наличии,
Каковы перспективы у этой истории? Могли бы Вы посоветовать кто бы взялся за этой дело из юристов, учитывая нынешние реалии (коронавирус). Что можно предпринять?