Два сотрудника в одной базе. НДФЛ с превышения

Добрый день! Помогите пожалуйста в такой ситуации. В базе есть головная организация (налоговая 1), есть ее филиал (налоговая 2). Есть физическое лицо с одним ИНН, которое оформлено двумя сотрудниками — сотрудник 1 в голове (налоговая 1) основное место работы, сотрудник 2 в филиале (налоговая 2) как совместитель. В головной организации (налоговая 1) получает зарплату (расчет НДФЛ автоматический) и доп. доход (вводим операциями учета НДФЛ), в филиале (налоговая 2) только доп. доход (вводим операциями учета НДФЛ). Со второго полугодия сумма доходов по физ. лицу (суммарно по двум налоговым) превысила 2,4 млн. Мы вводим операции учета НДФЛ и считаем налог с учетом превышения. Сформировав 6-НДФЛ по КБК происходит правильно распределение дохода и налога, кс не выявляет ошибок. Но у сотрудника вопрос — почему у него в налоговой 1 если взять справку 2-НДФЛ за полугодие доход 13% 1 540 730р (минус вычеты итого налоговая база 1 537 930 р), что явно меньше 2,4 млн и в этой же справке доход 15% 212883,85 р. В налоговой 2 по справке 2-НДФЛ доход 13% 862 070 р., что также меньше 2,4 млн. в и в этой справке доход 15% 176 471 р. Сотрудник уверен, что в момент подачи справок НО не складывают доходы, мы же уверены, что наоборот. В случае раздельного учета данных доходов по итогам года по ИНН будет суммирование доходов коды (2000 и 4800) обнаружено превышение и требование доплатить налог. Скажите пожалуйста, является ли корректным суммированный учет доходов и в базах и подобное формирование справок и отчетов?