Корректировка ставки НДС в реализации, подтверждение нулевой ставки НДС за прошлый период в 1С

Работаем в 1С:Предприятие 8.3 (8.3.23.1912). Мы оказываем услуги по уборке на борту воздушного судна в международном аэропорту. Ранее получили несколько разъяснений, что данная услуга не облагается НДС. Соответственно, во всех актах выполненных работ по данной услуге мы указывали «Без НДС». Некоторое время назад мы выяснили, что льгота была отменена НК РФ. Мы должны руководствоваться Приказом Минтранса России № 241 от 17.07.2012 года, согласно которого, мы должны делить рейсы на внутренние и международные. Мы выставили контрагентам исправительные счета-фактуры за те периоды, к которым относится ошибка в плане исчисления НДС. Я должна подать декларацию по НДС за те периоды, но столкнулась с такой проблемой: при заполнении декларации данные подхватываются из первоначального акта и попадают в раздел 7 декларации и в раздел 3 декларации — из исправительных счет-фактур. Кроме того, т.к. срок подачи документов для подтверждения ставки 0% уже истек, мы должны начислить налог 20% по таким операциям. В регламентных операциях НДС я выбираю «Подтверждение нулевой ставки», нажимаю Заполнить, но данные не появляются. Если я меняю данные в первоначальном акте выполненных работ, тогда я могу заполнить данные и выбрать «Не подтверждена ставка 0», однако, эти данные в разделе 6 не появляются, но увеличивают на эту сумму раздел 3 декларации, т.е. сумма выручки и налога получаются задвоенными.
Подскажите, пожалуйста, как правильно будет сделать, чтобы в дальнейшем можно было подтвердить ставку и взять вычет по ранее уплаченному налогу. А также корректно подать уточненные декларации за предыдущие периоды.