Страховые взносы

Добрый день. У организации есть филиал, сотрудник работает в головной организации и в филиале. произошло превышение базы для начисления взносов. Увидели рекомендацию, что нужно зайти в карточку расчета взносов, рассчитать вручную взносы по каждому филиалу и исправить взносы в документе начисления зарплаты. То есть программа некорректно рассчитывает начисленные взносы по филиалам, база должна быть едина, а взносы вручную корректируются. Это если и филиал и головная отчитываются в один ФНС. У нас другой случай. Каждое подразделение отчитывается в свой ФНС и таким образом в одной организации должно быть превышение базы для расчета взносов, а в другой нет. То есть база не едина. Как добиться правильного расчета в данном случае и правильного формирования отчета РСВ?