Учет НДС при выполнении работ по сохранению объектов культурного наследия

Добрый день! Прошу разъяснить с точки зрения законодательства следующий вопрос: организация выполняет работы, которые не облагаются НДС на основании п.п.15 п.2 ст 149 ч.2 НК(работы по сохранению объектов культурного наследия). В договоре, где указана стоимость работ написано: (пример) Цена договора составляет 7656979,44, в том числе НДС 18% от стоимости материалов-596473,25 рублей. Они высчитывают по этому НДС сами материалы, выписывают сч/ф на материалы с ндс, и на сами работы без ндс.( работы-3746765,91(без ндс) и материалы 3910213,53 в том числе ндс 596473,25) НДС по материалам от поставщиков предъявляют в бюджет пропорционально облагаемым и не облагаемым ндс операциям, и получается платят в бюджет ндс с материалов по работам. На мой взгляд должны вести раздельный учет ндс, включать его в стоимость материалов и выставлять только за работы без всякого ндс, но мне говорят , что так составлен договор и это требования заказчика (бюджетная организация).Как быть, как правильно вести учет? Программа стоит Бухгалтерия предприятия проф 8.2, будем переходить на 3. Заранее благодарю за ответ.