Нужно ли сдавать декларацию по налогу на прибыль резиденту Сколково, если он выписал реализацию с НДС, сдал декларацию по НДС?

Добрый день!
ООО «ХХХ» — организация, получившая статус участника проекта по осуществлению исследований, разработок и коммерциализации их результатов в соответствии с Федеральным законом «Об инновационном центре «Сколково». Пользуется льготой по НДС — Статья 145.1. Освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика организации, получившей статус участника проекта по осуществлению исследовательской и научно-технологической деятельности. И льготой по налогу на прибыль.
Возник вопрос при выписке реализации по одной сделке.
Партнёр директора, тоже участник Сколково, сказал ему, что у него по такому же виду услуг по договору, налоговая не приняла и заставила начислить НДС. Клиент сказал: мне проблемы с налоговой не нужны, начисляйте, я лучше заплачу. Просили у директора номер телефона бухгалтера его партнёра — не дал, сказал: беру ответственность на себя, начисляйте, заплатим.
Была выписана реализация с НДС — был выставлен сч/фактура. Сдана декларация по НДС с отражением в 12 разделе суммы реализации. В 9 разделе отражена сумма реализации с 0 НДС — попадающая под льготу.
В Декларации по НДС за 4 кв.2023 года, в разделе 12. «Сведения из счетов-фактур, выставленных лицами, указанными в пункте 5 статьи 173 НК РФ» по строкам 060, 070 и 080 отражены: стоимость работ без налога, сумма налога, предъявленная покупателю и стоимость работ с налогом, соответственно. Организации, освобожденные от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога в соответствии со ст. 145.1 НК РФ, в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы НДС представляют титульный лист, разд. 1 и разд. 12 декларации (п.п. 3, 17 и 51 Порядка заполнения декларации, Письмо ФНС России от 15.09.2016 N ЕД-4-15/17338).

2) В соответствии с предоставленной льготой в настройке налогов в базе 1С по налогу на прибыль ставка налога по бюджетам стоит 0 %. Была составлена декларация по прибыли с суммой доходов и расходов и налогооблагаемой базой по строкам 060, 100, 120 Листа 2 . Ввиду того, что ставки налога в настройке налогов по прибыли не установлены — в декларацию не подтягивается проценты с разбивкой и не считается сумма налога.

3) Декларации и по НДС и по Прибыли сданы. Уже истёк 3-х месячный срок на предъявление требований на пояснения со стороны налоговой. Из налоговой ничего не пришло.
Мы готовы начислить и уплатить налог на прибыль с суммы. Но вопрос: как это сделать технически, чтобы ничего не затронуть лишнего.

4) И самое главное: если резидент Сколково, получивший статус участника проекта по осуществлению исследований, разработок и коммерциализации их результатов в соответствии с Федеральным законом «Об инновационном центре «Сколково» выставил счёт/фактуру с НДС и сдал декларацию по НДС – возникает ли у него обязанность сдавать декларацию по налогу на прибыль и исчислять налог на прибыль по результатам выписанной реализации с НДС?

С уважением.