Отсутствие (болезнь, прогул, неявка)

Добрый день. Наша организация перешла на взаимодействие с ФСС через СЭДО. До перехода на СЭДО, пытаясь ввести больничный, который пересекается с отпуском, программа сразу в этом больничном подсказывала, что есть отпуск на этот период и можно было сразу же из этого больничного ввести исправление отпуска. И только после этого исправления можно было ввести больничный. В настройках расчета зарплаты флажок Сторнировать отпуск в больничном при пересечении периодов сброшен. После перехода на СЭДО, при загрузке сообщения об изменении ЭЛН автоматически создается документ Больничный лист, без заполненных данных, после получения запроса, в больничном нажимаем кнопку получить с ФСС и больничный заполняется всеми данными автоматически. Наш сотрудник заболел в отпуске, по нему получен больничный в том же месяце начисления, что и отпуск, период больничного пересекается с периодом отпуска. Программа рассчитывает больничный без учета пересечения дней отпуска. Подскажите пожалуйста, в чем может быть причина, такого поведения программы. Спасибо.