Оплата по окладу

Добрый день. ЗУП 3.1.18. У сотрудника было плановое начисление Оплата по окладу. Затем внесли изменение в штатное расписание и поменяли начисление на Сделку. ФОТ по сделке задали вручную. Когда оформляли перевод, то в начисления подтянулся новый вид расчета Сделка и ФОТ тоже. Но по некоторым сотрудникам Изменения вносили через документ Изменение оплаты труда, Изменение плановых начислений и там Сделка автоматически не подтянулась и когда мы ее подтянули сами, ФОТ не заполнился. Почему и как учесть по большому кол-ву сотрудников изменение ФОТ? После того, как зарегистрировали Данные для расчета ЗП по сделке на дату 01.10., сотруднику, что был принят не с первого числа месяца и по сотрудникам, что отсутствовали первого числа сделка не посчиталась. Как этого избежать?