Доходы в нескольких обособленных подразделениях

Добрый день! Подскажите. как правильно начислять НДФЛ сотруднику. если он первые полгода работал в одном обособленном подразделении, а вторые полгода в другом? Что является базой начисления налога — весь доход в целом, полученный в организации за год, или отдельно по каждому обособленному подразделению? Программа начислила и удержала НДФЛ со всего дохода сотрудника, полученного им в организации, но если смотреть в разрезе ИФНС, то по одной из ИФНС НДФЛ получается на рубль больше, чем если бы мы умножили доход, полученный сотрудником в этой ИФНС, на 13%. А с общего дохода, полученного сотрудником за год по двум ИФНС, НДФЛ исчисленный совпадает с расчетным (доход * 13%).